A partir dos dados recebidos, a Segurança Social verifica as condições de atribuição do subsídio e procede ao seu pagamento, se for o caso.

O CIT só pode ser utilizado em versão impressa nas situações em que não seja possível a sua transmissão eletrónica, por motivos de força maior. Nesse caso, os serviços de saúde entregam ao beneficiário o original do atestado, cabendo a este entregá-lo, no prazo de 5 dias úteis a contar da sua emissão, ao serviço de Segurança Social da sua área de residência.

Em ambas as situações, o utente recebe uma versão do CIT em papel, autenticada com vinhetas do médico e do estabelecimento de saúde, para apresentar à entidade empregadora. Se pretender ficar com um comprovativo, deve solicitar outra cópia ao serviço de saúde.

Saiba ainda que o modelo do CIT está diferente. Além de doença, internamento e cirurgia do próprio ou de um familiar que exija cuidados imprescindíveis, passou a incluir outras justificações não previstas no formulário anterior. É o caso da gestação de risco e da interrupção da gravidez.