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SARS-CoV-2: o que são e qual o impacto das variantes do novo coronavírus

O que são, por onde andam e o que escondem as mutações do novo coronavírus? Isabel Gordo, investigadora principal do Instituto Gulbenkian de Ciência, revela a importância da sequenciação do genoma do novo coronavírus para travar a disseminação das novas variantes do SARS-CoV-2.

  • Dossiê técnico
  • Susana Santos
  • Texto
  • Alda Mota
24 fevereiro 2021
  • Dossiê técnico
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  • Alda Mota
Estudo do coronavírus em laboratório

iStock

A divulgação de notícias que revelam que há novas variantes do SARS-CoV-2 a espalhar-se pelo mundo que não só poderão ser mais contagiosas como provocar doença severa e também afetar a eficácia das vacinas tem agitado a comunidade científica, gerado inquietação e levado inclusivamente ao encerramento de fronteiras. Em Portugal, a sequenciação do genoma do SARS-CoV-2 – que é a única forma de se descobrirem as novas variantes do novo coronavírus – é assegurada por um programa do Instituto Nacional de Saúde Dr. Ricardo Jorge, com a colaboração do Instituto Gulbenkian de Ciência (IGC). Segundo Isabel Gordo, investigadora principal do IGC, “este programa permite sequenciar cerca de 250 genomas a cada duas semanas, de forma a ter um retrato quase em tempo real da evolução do vírus”.

Como surgem e se detetam as variantes do SARS-CoV-2?

Os coronavírus (CoV) constituem uma grande família de vírus com o potencial de causar doenças respiratórias, que podem ir desde uma simples constipação a situações mais graves como a síndrome respiratória do Médio Oriente (MERS-CoV) e a síndrome respiratória aguda grave (SARS-CoV). Trata-se de doenças zoonóticas, ou seja, transmissíveis entre animais e pessoas. O SARS-CoV-2 (que provoca a covid-19) é uma nova estirpe que nunca tinha sido anteriormente identificada nos seres humanos. As novas variantes que se têm observado ao nível mundial são mutações do SARS-CoV-2.

As mutações dos vírus são comuns, em particular nos vírus de RNA – que têm ácido ribonucleico como material genético (como os coronavírus) –, e a maioria não tem impacto significativo. Contudo, algumas mutações podem proporcionar ao vírus uma vantagem em relação aos outros vírus que não sofreram essa mutação, tal como uma maior transmissibilidade. São estas mutações que geram preocupação e precisam de ser acompanhadas de perto. Além disso, quanto maior a transmissibilidade e a circulação do vírus, maior é a probabilidade de ocorrerem novas mutações.

Sequenciar o genoma de um vírus ajuda a entender o percurso da transmissão e o tempo em que ele está presente em determinada região ou país. Obter a sequenciação do genoma do SARS-CoV-2 é essencial para o rápido rastreio dos vírus em circulação e a única forma de descobrir novas variantes, ajustar estratégias no sentido de tentar travar a disseminação do vírus e conter cadeias de transmissão das variantes de maior preocupação.

No âmbito do programa de sequenciação desenvolvido pelo Instituto Nacional de Saúde Dr. Ricardo Jorge com a colaboração do Instituto Gulbenkian de Ciência (IGC), já foram realizadas 3404 sequências do genoma do SARS-CoV-2, obtidas de amostras colhidas em 71 laboratórios, hospitais e instituições, representando 235 concelhos. Segundo a investigadora Isabel Gordo, “o programa é complementado com reforço de sequenciações, de outras amostras, promovidas pelo IGC em conjunto com os laboratórios Germano de Sousa”.

Três variantes do SARS-CoV-2 identificadas em Portugal

Segundo o Centro Europeu de Prevenção e Controlo das Doenças (ECDC), existem no mundo três variantes do SARS-CoV-2 com maior importância epidemiológica e clínica.

Variantes do SARS-CoV-2 identificadas em Portugal
Nome B.1.1.7 ou N501Y.V1 B.1.351 ou N501Y.V2 P.1 ou N501Y.V3
País onde foi detetado pela primeira vez Reino Unido África do Sul Brasil
Primeira vez detetado em Portugal Dezembro de 2020 Janeiro de 2021 Fevereiro de 2021
Transmissibilidade Cerca de 50% mais transmissível. Estima-se um aumento de transmissibilidade de 50% face às outras variantes que circulam na África do Sul. Não há estudos que comprovam qualquer aumento na transmissibilidade da P.1, mas a alteração ao nível dos aminoácidos N501Y, também presente nas outras duas variantes, sugere que tal é plausível.
Severidade Provável risco aumentado de hospitalização e morte. Ainda não há certezas sobre se esta variante causa aumento da gravidade da doença. Desconhece-se o impacto na gravidade da infeção.
Impacto nas vacinas Dados preliminares indicam que as vacinas da BioNTech/Pfizer, da Moderna e da AstraZeneca não terão redução da eficácia. Quanto à vacina da Novavax, a fase de testes indicia uma redução de 15%. Análises a pessoas vacinadas com as vacinas da BioNTech/Pfizer e da Moderna indiciam uma redução em seis vezes da neutralização contra as mutações presentes no vírus. Dados preliminares referentes à vacina da AstraZeneca mostraram uma eficácia limitada da vacina (de cerca de 10%) contra doença média ou moderada causada por esta variante. No que diz respeito à Novavax, resultados da fase clínica reportam uma redução de eficácia de cerca de 50% contra a variante B.1.351. Não há informação disponível sobre a neutralização dos anticorpos em relação à variante P.1, mas as mutações reportadas na proteína Spike poderão ter um impacto na eficácia das vacinas semelhante ao da B.1.351.

A Johnson & Johnson, a Moderna e a Pfizer estão já a trabalhar para tornar as suas vacinas mais eficazes contra as novas mutações do vírus. Das três variantes do SARS-CoV-2 identificadas até ao momento, Isabel Gordo esclarece que “a variante inicialmente detetada no Reino Unido – de nome B.1.1.7 ou N501Y.V1 – tem merecido uma atenção redobrada, pois transmite-se cerca de 50% mais depressa do que o vírus inicial. Tanto a variante N501Y.V1 como a N501Y.V2, descoberta na África do Sul, e a N5011Y.V3, no Brasil, têm em comum uma mutação na posição 501 da proteína Spike, que é uma posição importante, pois pertence à zona de ligação do vírus ao recetor das nossas células”. Além dessa mutação importante, Isabel Gordo destaca que as novas variantes da África do Sul e do Brasil apresentam ainda mais algumas mutações, entre as quais uma em especial, a E484K: “Esta é de preocupação acrescida, pois tem o potencial de reduzir a capacidade de os anticorpos produzidos numa primeira infeção ou na vacinação se ligarem à [proteína] Spike. Esta alteração pode modificar a proteção que os anticorpos conferem à reinfeção.” No que diz respeito ao impacto das novas variantes, a investigadora do IGC revela que “a variante do Reino Unido já atingiu uma frequência considerável”. E acrescenta: “Precisamos rapidamente de perceber que fração das infeções atuais envolvem as outras duas variantes.”

A propósito da eficácia das vacinas, Isabel Gordo sublinha que é necessário continuar a acompanhar a efetividade da vacina e a sua introdução no “mundo real”. A investigadora esclarece: “Sabemos que as vacinas são seguras, depois dos ensaios e aprovações a que foram sujeitas, mas é necessário acompanhar as pessoas vacinadas e o desenvolvimento de anticorpos (e durante quanto tempo). Por isso, o Instituto Gulbenkian de Ciência tem em curso um estudo de efetividade da vacina em 1200 profissionais de saúde vacinados e que será alargado a outras populações e faixas etárias, conferindo dados muito relevantes sobre a vacina, cruciais para estudos internacionais.”

 
Isabel Gordo, investigadora do Instituto Gulbenkian de Ciência, sublinha a importância da sequenciação para detetar as novas variantes. (Fotografia: 4See/Raquel Wise)

Variante do Reino Unido tem maior prevalência no País

Identificada em Portugal ainda em dezembro de 2020, a variante inicialmente detetada no Reino Unido tem merecido uma atenção redobrada pelo seu potencial de maior transmissão em relação às outras variantes em circulação. Dados reportados pelo Centro Europeu de Prevenção e Controlo das Doenças (ECDC) a 15 de fevereiro apontavam para uma prevalência de cerca de 45% no número de novos casos existentes no País com a variante do Reino Unido. Segundo Isabel Gordo, estima-se que, “entre 1 de dezembro e 7 de fevereiro, já tenham circulado em Portugal mais de 120 mil casos de covid-19 associados à variante do Reino Unido”. A investigadora do Instituto Gulbenkian de Ciência esclarece que, de acordo com os dados apresentados, “parece estar a entrar-se num plateau [os números já não estão a aumentar]”. A região de Lisboa e Vale do Tejo é a que apresenta uma maior prevalência da mutação.

Quanto à hipótese de a variante do Reino Unido ter maior transmissibilidade em faixas etárias mais jovens, Isabel Gordo sublinha que, “neste momento, com os níveis de infeção elevados, todas as faixas etárias estão sujeitas às consequências da infeção. Estatisticamente, ainda não é evidente que haja uma associação entre a variante inglesa e a idade. O que é claro é que não são só os idosos que sofrem com essa infeção”.

Sequenciação do genoma do vírus é essencial

Segundo o mais recente relatório do Centro Europeu de Prevenção e Controlo das Doenças (ECDC), a variante do Reino Unido encontra-se presente em 83 países do mundo, onde se incluem todos os países da União Europeia. Isabel Gordo esclarece que esta disseminação “leva ao encerramento de locais onde se deteta, pois a sua rápida transmissão põe em risco a capacidade de os sistemas de saúde reagirem em tempo real à sua dispersão”.

A investigadora do Instituto Gulbenkian de Ciência explica que “há pelo menos duas mutações que podem ser responsáveis pelo aumento de transmissão e que ocorrem em combinação na variante do Reino Unido: a D614G e a N501Y”. Isabel Gordo explica: “Por causarem maior capacidade de ligação, estas duas mutações levam a que o número de vírus durante uma infeção – ou seja, a carga viral – seja maior, o que conduz a maior transmissão.”

Quanto à hipótese de o aumento da prevalência em Portugal da variante do Reino Unido obrigar à necessidade de adaptar os testes atuais para evitar falsos negativos, a especialista responde: “Em alguns testes de RT-PCR, uma sonda pode falhar quando o vírus pertence à variante inglesa. Mas estes testes funcionam com três sondas; e, com concordância de duas, não há problema de falsos negativos, pois as outras duas detetam o vírus. Em relação às outras variantes, é mesmo necessária a sequenciação.” A este respeito, sobre o impacto da disseminação das variantes sul-africana e brasileira, a investigadora sublinha que “as outras variantes são mais difíceis de detetar, pois, como não se veem através da falha no RT-PCR, exigem a sequenciação dos vírus em grande escala. Medidas para isso acontecer estão a ser implementadas em vários países neste momento”.

Variantes de África do Sul, Brasil e México sob vigilância

De acordo com dados do Instituto Gulbenkian de Ciência à data da entrevista [22 de fevereiro], foram detetados quatro casos da variante 501Y.V2 (linhagem B.1.351), conhecida como “variante da África do Sul”. Isabel Gordo considera que a circulação desta variante deve ser ainda limitada em Portugal, mas ressalva: “Estamos a fazer mais monitorização genómica para poder determinar a sua frequência atual. É preciso estar vigilante, pois a mutação E484K já foi encontrada noutras estirpes, noutros locais, incluindo Portugal, e dessa forma pode gerar novas variantes que precisam de vigilância.” No que diz respeito à transmissibilidade, dados preliminares do Centro Europeu de Prevenção e Controlo das Doenças (ECDC) estimam que a variante associada à África do Sul é 50% mais transmissível do que as variantes que circulam ou circularam nesse país.

No que diz respeito às variantes do Brasil, segundo Isabel Gordo, “os primeiros sete casos da variante 501Y.V3 (P.1) conhecida com a variante de Manaus, foram identificados a 20 de fevereiro, embora já tivessem sido detetados cinco casos da variante P.2, também detetada inicialmente no Brasil e associada a casos de reinfeção”.

Quanto à alegada variante do México, a investigadora revela que “nos últimos meses foram identificadas novas estirpes do SARS-CoV-2, entre elas uma variante detetada pela primeira vez no México, mas, até agora, não foi detetada a sua introdução em Portugal”. Contudo, a este propósito, ressalva: “A vigilância e monitorização é crucial, a par de estratégias de contenção da sua entrada no País.”

Máscara respiratória essencial para evitar contágio com novas variantes?

Face à emergência das novas variantes, e tendo em conta o seu potencial de transmissibilidade, o ECDC esclarece que o argumento da maior eficiência de filtração das partículas das máscaras respiratórias tem levado a que sejam recomendadas para travar a disseminação da doença. Contudo, revela que ainda há muito pouca evidência científica de que estas sejam vantajosas em relação aos outros tipos de máscaras. As dificuldades de assegurar um correto ajustamento ao rosto, bem como os potenciais efeitos adversos ao nível da menor respirabilidade devem, segundo o ECDC, ser tidos em conta, antes de tornar o seu uso obrigatório.

Para prevenir a disseminação e controlo da transmissão das novas variantes do SARS-CoV-2, o ECDC defende, sim, a importância de reforçar, no seu conjunto, as medidas para evitar a disseminação e controlo da transmissão da doença, tais como:

  • manter o distanciamento físico entre as pessoas e limitar ao máximo os ajuntamentos;
  • promover a boa higiene das mãos (lavagem frequente com água e sabão ou, na falta desta, desinfeção com solução hidroalcoólica) e a etiqueta respiratória (uso de máscara facial, tossir para o braço, etc.);
  • providenciar o uso de máscara facial, sempre que necessário;
  • manter o rastreamento de contactos, o respeito pela quarentena em caso de contactos de risco e o isolamento de casos covid-19 positivos;
  • desenvolver medidas para limitar a transmissão do vírus no local de trabalho, encorajando o teletrabalho sempre que compatível com as funções desempenhadas;
  • implementar medidas para manter a prevenção e o controlo da infeção em instalações de saúde e apoio social;
  • aconselhar a população a evitar viagens não-essenciais;
  • fortalecer as medidas de mitigação nas escolas, podendo, como último recurso, ser considerado o encerramento parcial ou total das escolas durante um curto período.

Idêntica opinião tem a investigadora do Instituto Gulbenkian de Ciência, para quem é importante minimizar o contágio, “independentemente de qual seja a variante em circulação”: “Usar máscara, manter dois metros de distância, minimizar o tempo de contacto e arejar o ambiente em casa e onde se está a trabalhar.” Isabel Gordo sublinha a importância de serem sempre usadas máscaras certificadas, "seja através de marcação CE válida ou testadas por diversas entidades (Citeve, ISQ, etc.)”.

Isabel Gordo defende também que, na sua opinião, “atualmente, devido à presença na população da variante do Reino Unido, na escolha de máscaras certificadas deve dar-se primazia à escolha de máscaras sociais de nível 2, que possuem uma eficiência de filtração de pelo menos 90% das partículas, em detrimento das máscaras sociais de nível 3, apenas com 70% de eficiência de filtração de partículas”. Explica ainda que “as máscaras classificadas como FFP2 ou KN95, embora possuam uma eficiência de filtração superior, de pelo menos 95% das partículas, estão aconselhadas para profissionais de saúde ou outros profissionais que contactam diretamente com o vírus e que, devido a estas funções, necessitam da proteção adicional”.

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