A maioria das praias portuguesas apresenta água livre de substâncias químicas susceptíveis de provocarem doenças. Contudo, em muitas, é possível detectar a presença de metais pesados (mercúrio, por exemplo), sinal de fonte de poluição nas redondezas.
Existe uma directiva comunitária que fixa valores para a qualidade da água e obriga os Estados-membros a estarem vigilantes na época balnear.
Alguns parâmetros de controlo obrigatório, como os coliformes fecais, fazem parte da análise microbiológica. O mesmo acontece com determinados parâmetros físico-químicos: óleos minerais, substâncias tensioactivas e fenóis, provenientes sobretudo das descargas industriais e domésticas.
Portugal transpôs esta directiva para o regime jurídico nacional, mas privilegia-se a análise microbiológica, negligenciando-se frequentemente o controlo físico-químico.
A água das praias portuguesas tem graves falhas na limpeza. É muito frequente a presença de resíduos, matérias flutuantes (madeira, plástico, etc.), espuma e óleos minerais à superfície.
Para garantir a qualidade da água, é fundamental:
fiscalização apertada;
divulgar mais os dados e informação sobre a qualidade das águas à população em geral;
controlar o saneamento básico, promover a construção de Estações de Tratamento de Águas Residuais (ETAR) e zelar pelo correcto funcionamento das existentes;
impor multas pesadas para as descargas ilegais e investigar as causas de níveis anormais de poluição.